9월에 퇴사하고 연말까지 재취업하지 않았다면, 중도퇴사자 연말정산은 두 번에 나눠 끝납니다. 퇴사한 달에 회사가 한 번, 이듬해 5월에 본인이 한 번입니다. 회사가 해준 정산만 믿고 넘어가면 돌려받을 돈을 그대로 두게 되는데요. 무엇이 빠졌고 언제 어떻게 채우는지 차례대로 정리했습니다.

3줄 요약

• 퇴사할 때 회사가 하는 정산은 기본공제 위주의 약식 정산입니다.
• 12월 31일에 재직 중이 아니면 이듬해 5월에 직접 신고해야 합니다.
• 의료비·카드값은 근무한 기간에 쓴 것만, 국민연금·기부금은 연간 전체가 공제됩니다.

퇴사할 때 받은 환급, 그걸로 끝인가요?

끝이 아닌 경우가 많습니다.

근로자가 중도에 퇴직하면 회사는 퇴직하는 달의 급여를 줄 때 연말정산을 합니다. 그런데 이때 회사가 반영하는 건 대체로 본인 기본공제, 표준세액공제, 4대보험료 정도입니다. 의료비 영수증이나 기부금 명세, 신용카드 사용액 자료를 퇴사자에게 일일이 받아 처리하는 회사는 드뭅니다.

그래서 이 정산은 중간 정산에 가깝습니다. 빠진 공제는 이듬해 5월 종합소득세 신고 기간에 본인이 채워 넣을 수 있습니다.

퇴사할 때 이미 환급을 받았어도 5월에 다시 신고할 수 있습니다. 두 번 받는 게 아니라, 회사가 계산한 세액을 기준으로 차액만 정산되는 구조입니다.

재취업했다면 누가 정산하나요?

기준은 하나입니다. 12월 31일에 어딘가에 재직 중인지입니다.

연말에 새 회사에 다니고 있다면 그 회사가 정산합니다. 이때 전 직장의 근로소득 원천징수영수증을 새 회사에 제출해야 두 곳 소득이 합산됩니다. 제출하지 않으면 새 직장 소득만으로 정산되어, 나중에 세금을 더 내야 하는 상황이 생길 수 있습니다.

연말에 재직 중이 아니라면 회사가 대신해 줄 곳이 없습니다. 이듬해 5월에 종합소득세로 직접 신고하게 됩니다.

상황별로 정리하면 이렇습니다.

• 12월 31일 재직 중 → 새 회사에 전 직장 원천징수영수증 제출
• 12월 31일 미취업 → 이듬해 5월 종합소득세 신고
• 이직 후 또 퇴사해 연말에 무직 → 두 곳 원천징수영수증을 모두 챙겨 5월 신고

퇴사 사유에 따라 실업급여를 함께 준비하는 경우라면 이직확인서도 같이 챙기게 됩니다. 👉 이직확인서 신청방법 및 조회하기

퇴사 후에 쓴 돈도 공제되나요?

여기서 갈립니다. 항목에 따라 다릅니다.

보험료, 의료비, 교육비는 국세청 안내상 근로를 제공한 기간에 지출한 금액만 공제 대상입니다. 신용카드 사용액과 월세액, 주택자금도 같은 기준을 따릅니다. 퇴사한 다음 달부터 쓴 병원비나 카드값은 원칙적으로 빠집니다.

반면 국민연금보험료, 연금저축과 IRP 납입액, 기부금은 근무 기간과 관계없이 그해 낸 금액 전체가 대상입니다. 퇴사 후에 넣은 연금저축도 살아 있다는 뜻입니다.

퇴사가 예정돼 있다면 이 표가 지출 시점을 정하는 기준이 됩니다. 큰 치료나 학원 등록이 예정돼 있고 시기를 조정할 수 있다면, 재직 중에 결제하는 쪽이 공제에 유리합니다.

다만 의료비는 총급여의 3%를 넘는 금액부터 공제되는 등 항목마다 별도 요건이 붙습니다. 부양가족 의료비를 합산하는 방법은 따로 정리해 두었습니다. 👉 연말정산 부모님 의료비 끌어오기

3월 퇴사와 9월 퇴사는 얼마나 차이 나나요?

근무한 기간이 짧을수록 공제 기준이 되는 금액도 함께 줄어듭니다. 신용카드 공제로 계산해 보겠습니다.

신용카드 소득공제는 그해 총급여의 25%를 넘게 쓴 금액부터 적용됩니다. 신용카드 결제분의 공제율은 15%입니다.

9월 말 퇴사한 경우

• 1~9월 총급여 2,700만원
• 공제 기준선: 2,700만원 × 25% = 675만원
• 근무 기간 중 신용카드 사용액 900만원
• 기준선 초과분: 900만원 − 675만원 = 225만원
• 소득공제액: 225만원 × 15% = 33만 7,500원

10월부터 12월까지 300만원을 더 썼더라도 이 계산에는 들어가지 않습니다.

3월 말 퇴사한 경우

• 1~3월 총급여 900만원
• 공제 기준선: 900만원 × 25% = 225만원
• 근무 기간 중 신용카드 사용액 300만원
• 기준선 초과분: 300만원 − 225만원 = 75만원
• 소득공제액: 75만원 × 15% = 11만 2,500원

소득공제액은 세금이 그만큼 줄어드는 금액이 아니라 과세 대상 소득에서 빼는 금액입니다. 실제로 줄어드는 세금은 본인 세율 구간에 따라 달라집니다. 세율 15% 구간이라면 33만 7,500원 공제로 약 5만원 정도가 줄어드는 셈입니다.

총급여 7천만원 이하는 신용카드 소득공제 한도가 300만원입니다. 위 사례는 한도에 한참 못 미치므로 전액이 반영됩니다.

카드 사용 내역 중 공제에서 빠지는 항목도 있습니다. 👉 연말정산 카드 내역 삭제 방법

실업급여를 받는 중이면 세금은 어떻게 되나요?

고용보험법에 따라 받는 실업급여는 소득세법상 비과세소득으로 분류됩니다.

그래서 실업급여는 종합소득세 신고 때 합산할 소득에 들어가지 않습니다. 5월에 신고할 대상은 그해 회사에서 받은 근로소득이고, 실업급여 수령액은 별도로 적지 않습니다.

실업급여를 받는 기간에 쓴 돈이 공제되는지 묻는 경우가 있는데요. 이 기간은 근로를 제공한 기간이 아니므로, 앞의 표에서 공제 안 됨으로 분류된 항목은 그대로 제외됩니다. 실업급여를 받는 중이어도 연금저축이나 기부금은 계속 인정됩니다.

퇴직금은 실업급여와 성격이 다릅니다. 퇴직소득은 근로소득과 합산하지 않고 별도로 과세됩니다. 👉 퇴직금 실수령액 계산기, 세금 몇프로?

자진퇴사여서 실업급여를 받을 수 있는지부터 확인이 필요하다면 아래 글을 참고하시기 바랍니다. 👉 자진퇴사 실업급여 받는법 및 조건

원천징수영수증은 어디서 받나요?

두 가지 방법이 있습니다.

가장 빠른 건 퇴사한 회사에 직접 요청하는 것입니다. 퇴직 정산이 끝난 뒤라면 바로 발급받을 수 있습니다.

홈택스에서도 조회됩니다. 로그인 후 My홈택스에서 지급명세서 등 제출내역으로 들어가면 회사가 제출한 근로소득 원천징수영수증을 볼 수 있습니다. 다만 회사가 지급명세서를 제출한 뒤라야 조회됩니다. 근로소득 지급명세서는 원칙적으로 이듬해 3월 10일까지 제출하게 되어 있어, 퇴사 직후에 바로 뜨지 않는 경우가 많습니다.

5월 종합소득세 신고 시점에는 대체로 조회가 가능한 상태가 됩니다. 급하게 필요하다면 회사에 요청하는 편이 확실합니다.

5월에 직접 신고하는 게 번거롭게 느껴질 수 있는데요. 장단점을 정리하면 이렇습니다.

👍 회사가 반영하지 못한 의료비·기부금·카드 공제를 추가로 넣어 환급받을 수 있습니다.
👎 자료를 본인이 모아 홈택스에서 직접 신고해야 합니다.

자주 묻는 질문

퇴사할 때 이미 환급을 받았는데 5월에 또 신고해도 되나요?

가능합니다. 회사가 한 정산은 기본공제 위주라서 빠진 항목이 남아 있는 경우가 많습니다. 5월 신고에서는 이미 정산된 세액을 반영해 차액만 계산됩니다.

전 직장 원천징수영수증을 새 회사에 내지 못했습니다.

이 경우 새 회사는 자기 회사 소득만으로 정산하게 됩니다. 두 곳 소득을 합치면 세액이 달라지므로, 이듬해 5월에 종합소득세로 합산 신고해 정리하는 방법이 있습니다.

몇 년 전에 놓친 공제도 지금 받을 수 있나요?

경정청구 제도가 있습니다. 법정신고기한이 지난 후 5년 이내라면 청구할 수 있습니다. 다만 사안에 따라 인정 범위가 달라질 수 있어, 금액이 크다면 관할 세무서나 국세상담센터에 확인해 보시는 편이 안전합니다.

퇴사 시점과 지출 시점만 정확히 정리해 두면 5월 신고는 어렵지 않습니다. 근로기간 중에 쓴 자료부터 챙겨두시기 바랍니다.

참고: 국세청 특별세액공제 안내 · 국세청 홈택스. 2026년 기준으로 정리했으며, 개별 사안은 관할 세무서 확인이 필요할 수 있습니다.